Gli Accordi di programma estendono l'applicazione degli incentivi. Grazie ad appositi accordi di programma, da predisporre in accordo con il ministero dello sviluppo economico, potranno essere promosse nuove iniziative di reindustrializzazione delle aree interessate da complesse situazioni di crisi con impatti significativi per la politica industriale nazionale. Il decreto introduce infatti nel testo unico l'attuazione della legge 23 luglio 2009 n. 99, art. 2, che aveva previsto l'ampliamento dell'operatività degli incentivi.
Nessuna garanzia per l'erogazione del contributo. Non sarà più necessario prestare garanzie fideiussorie bancarie a fronte della concessione di contributi a fondo perduto, in assenza di anticipazioni. Questa modifica allinea le agevolazioni della legge 181/91 agli altri strumenti di incentivazione delle imprese. Pertanto, la garanzia fideiussoria sarà richiesta solamente qualora l'erogazione del contributo sia richiesta a titolo di anticipo, non più se la richiesta avviene a titolo di stato di avanzamento.
La partecipazione nell'impresa è il cardine dello strumento. Il punto focale dello strumento di agevolazione della legge 181/91 è rappresentato dal fatto che l'agenzia Invitalia è tenuta ad acquisire una partecipazione temporanea di minoranza al capitale delle imprese beneficiarie, che deve essere per sua natura transitoria e non deve, di regola, essere superiore al 30% del capitale delle imprese. Tale partecipazione non deve inoltre comportare per l'agenzia responsabilità di gestione, né rilascio di garanzie. La partecipazione avviene mediante sottoscrizione di capitale in sede di costituzione della società o in sede di aumento del capitale sociale. L'Agenzia è tenuta a mantenere la partecipazione al capitale di rischio delle imprese almeno fino al completamento degli investimenti, e l'alienazione delle partecipazioni deve avvenire preferibilmente a favore degli altri soci.
Obbligatorio apportare mezzi propri per almeno il 25%. I soci privati dell'impresa beneficiaria dovranno concorrere al finanziamento dell'investimento mediante un contributo finanziario, da apportare a titolo di mezzi propri, pari ad almeno il 25% dei costi dell'investimento complessivo programmato. Questo non può avvenire, come ad esempio nel caso dell'ultima legge 488/92, attraverso finanziamenti anche esterni purché privi di aiuto pubblico, bensì deve consistere in apporti di mezzi freschi da parte dei soci.