Il governo, nel ricorso del 2008 eccepì che tale impostazione sarebbe risultata in contrasto con l'art. 161, comma 1, del decreto legislativo 12 aprile 2006, n. 163 (Codice dei contratti pubblici), laddove prevede che queste due fasi siano disciplinate dalla stessa normativa nazionale, allo scopo di garantirne l'uniformità di regolamentazione sul territorio nazionale. Inoltre, per quanto riguarda la Via, la normativa regionale prevedeva che spettasse alla regione emettere la valutazione sulla compatibilità ambientale dell'opera, provvedendo ad una mera comunicazione ai ministeri dell'ambiente e a delle infrastrutture e dei beni culturali, che avrebbero potuto a loro volta comunicare prescrizioni integrative alla valutazione di impatto ambientale.
Ciò avrebbe finito per svuotare di significato la norma del Codice che stabilisce, in caso di interesse regionale concorrente con quello statale, che le regioni e le province autonome devono limitarsi a partecipare, con le modalità indicate nelle intese, alle sole attività di progettazione, affidamento dei lavori e monitoraggio.
Inoltre la normativa regionale aveva previsto anche una disciplina della figura del contraente generale (affidatario dei lavori da parte del concessionario e non anche direttamente da parte del soggetto aggiudicatore) difforme dal Codice dei contratti pubblici laddove prevede che sia il concessionario, sia il soggetto aggiudicatore possano affidare al contraente generale la realizzazione dei lavori.
In relazione a queste censure la regione Lombardia ha successivamente emanato la legge regionale 8 ottobre 2008, n. 26 (modificativa della legge n. 15) con la quale ha chiarito che le procedure concernenti l'approvazione sia del progetto preliminare sia di quello definitivo per la realizzazione in ambito regionale delle infrastrutture strategiche d'interesse nazionale sono subordinate al raggiungimento di preventive intese tra lo stato e la regione che disciplinino modalità, contenuti e tempi dell'intervento regionale.
Conseguentemente, senza accordo tra lo stato e la regione, si applicherebbero le usuali norma statali. Questa modifica appare decisiva per evitare il contrasto fra normativa regionale e statale; infatti, dice la Corte, basta che la parte interessata (per esempio un ministero) non presti adesione all'accordo procedimentale per fare sì che, invece delle procedure derogatorie (regionali) si applichino «esclusivamente le procedure di carattere generale e comune sulla base del normale riparto delle competenze».
Anche sulla disciplina del contraente generale il contrasto fra normativa regionale e statale viene ricomposto stabilendo, con la legge 26/08, che anche i soggetti aggiudicatori possano utilizzare l'affidamento a contraente generale che, nel testo della legge 15, veniva limitato nell'operatività al solo ambito delle concessioni.