Per effettuare lo sdoganamento in mare è necessario che ricorrano le seguenti condizioni:
- la nave deve essere monitorata dall'autorità marittima competente, per verificare che proceda verso il porto di destinazione senza scali;
- deve risultare attivato lo sportello unico doganale presso l'ufficio delle dogane competente sull'area portuale;
- si devono utilizzare le procedure telematiche, richiamate nella stessa nota, per la gestione della temporanea custodia da parte dei terminal che curano le operazioni di sbarco e la movimentazione dei container.
Ciascun ufficio doganale, nell'area portuale di propria competenza, provvederà a emanare, in base alla realtà locale, le disposizioni attuative nel quadro delle istruzioni generali, specificando tra l'altro le modalità con cui l'ufficio segnala al responsabile del manifesto l'avvenuta autorizzazione alla convalida dello stesso e le modalità per lo scambio di informazioni concernenti il piano degli arrivi delle navi, l'inizio e il termine del monitoraggio, i messaggi di allerta.
Poiché in assenza dell'autorizzazione alla convalida del manifesto da parte della dogana lo sdoganamento in mare non è attuabile, l'ufficio dovrà assicurare, in base al piano degli arrivi, la presenza dei funzionari per gli adempimenti di competenza.
La dichiarazione doganale telematica, in procedura ordinaria e domiciliata, deve essere inviata con il messaggio IM. All'arrivo della nave, le merci sono scaricate e trattate a seconda del tipo di controllo determinato dal processo di analisi dei rischi. In caso di merci soggette al controllo sicurezza, l'eventuale visita deve essere eseguita nel porto. La merce è svincolata solo dopo la registrazione dell'esito del controllo al sistema, effettuata dall'ufficio.