Una delle ipotesi applicative evidenziate nella direttiva è la notifica, da parte del contribuente, di un'impugnazione predisposta in difformità dallo schema di «ricorso con istanza» suggerito dall'Agenzia proprio con la citata circolare n. 9/E o addirittura priva dell'istanza di reclamo richiesta dall'art. 17-bis del dlgs n. 546/1992. Il comma 2 di tale disposizione, peraltro, punisce con l'inammissibilità il contribuente che intenda adire direttamente la Ctp senza prima esperire la procedura obbligatoria pre-contenziosa presso la Direzione che ha emesso l'atto.
Le Entrate, tuttavia, come già fatto con la circolare n. 9/E, sottolineano che l'istanza si inserisce in un procedimento di natura amministrativa, non giudiziaria. Eventuali vizi della stessa, quindi, non sono di assoluto impedimento alla mediazione (così come all'autotutela). In linea con il principio di collaborazione, l'ufficio che riceve o si vede notificato il ricorso senza istanza dovrà fare presente al contribuente che la lite rientra tra quelle oggetto di reclamo obbligatorio. Pertanto, l'eventuale deposito del ricorso presso la Ctp non potrà comunque avvenire prima della notifica del provvedimento di risposta dell'Agenzia o, in sua assenza, decorsi 90 giorni dalla presentazione dell'atto di opposizione. Poiché all'inizio l'effetto novità potrebbe rendere tali circostanze piuttosto frequenti, la Direzione centrale affari legali e contenzioso invita le direzioni territoriali a prestare particolare attenzione sulla necessità di adeguare sistematicamente le avvertenze degli atti impugnabili.
Dalla direttiva n. 29/2012 emerge un ruolo rafforzato anche per gli Oci, gli Organi consultivi interni istituiti presso ogni Dp o Dr e chiamati in causa in fase di istruttoria per i casi più delicati. Gli Oci dovranno fornire il proprio parere (non vincolante) nella trattazione delle istanze ogni volta che si dovrà affrontare per la prima volta una questione complessa o di particolare rilevanza, quando si vorrà revisionare orientamenti precedentemente assunti o laddove si intenderà modificare la prassi. La decisione finale dell'Oci è adottata dal direttore provinciale o regionale, che ne è anche presidente e ne decide la composizione.