Per i giudici d'appello, è escluso «qualsiasi comportamento riprovevole dell'ufficio nell'amministrazione» nella conduzione ante causa, poiché «si è attivato subito dopo l'acquisizione della documentazione offerta dal contribuente e a seguito della apposita domanda di autotutela».
In realtà, però, sulla questione non c'è una uniformità di vedute all'interno della stessa commissione regionale. Sempre la commissione regionale di Roma, sezione XXIX, con la sentenza n. 43/2011, ha chiarito che nel processo tributario l'amministrazione deve essere condannata a pagare le spese processuali, nei casi in cui gli atti di accertamento vengano annullati in via di autotutela. Ha ritenuto giusto che il fisco paghi le spese al contribuente quando l'annullamento dell'atto di accertamento venga adottato nel corso del processo. Il giudice d'appello ha dunque applicato la nuova regola contenuta nella riforma del processo civile (legge 69/2009) per deflazionare il contenzioso, che prevede la compensazione delle spese solo per ragioni o eventi eccezionali. La condanna alle spese di giudizio dovrebbe costituire l'ipotesi ordinaria, legata al fatto stesso della soccombenza. Il principio è che il contribuente non debba pagare i costi sostenuti per difendersi nel processo tributario in seguito a errori commessi dall'amministrazione finanziaria. Ecco perché anche nei casi in cui l'atto impositivo venga annullato in corso di giudizio è giusto che paghi le spese processuali. In questo senso si è espressa la Commissione tributaria regionale di Catanzaro, prima sezione, con la sentenza 495 del 28 dicembre 2009, la quale ha ritenuto che l'autotutela fosse stata esercitata nell'interesse «egoistico» dell'amministrazione.
L'amministrazione pubblica, però, si viene a trovare tra due fuochi quando rileva un vizio o un errore nella pretesa tributaria. Se annulla l'atto impositivo è tenuta a pagare le spese di lite. Invece, qualora non adotti il provvedimento di autotutela può essere condannata a risarcire i danni al contribuente. Naturalmente, sempre che l'atto non sia divenuto definitivo. Le sezioni unite della Cassazione (sentenza n. 2870/2009) hanno infatti precisato che non è ammesso alcun rimedio giudiziale se l'amministrazione finanziaria si rifiuti di annullare un atto impositivo divenuto definitivo. Con quest'ultima pronuncia, i giudici di piazza Cavour hanno ribadito che l'atto di diniego è impugnabile innanzi al giudice tributario, che è competente ogniqualvolta si controverta di uno specifico rapporto tributario. A eccezione dei casi in cui venga impugnato un atto di carattere generale o si chieda il rimborso di una somma indebitamente versata a titolo di tributo e di cui il fisco abbia riconosciuto pacificamente la spettanza al contribuente.