La Corte di giustizia è stata però di diverso avviso. Nella sentenza ha infatti osservato che il sistema delle risorse proprie predisposto in base al trattato è finalizzato, riguardo alle risorse Iva, a istituire un obbligo a carico degli stati membri di mettere a disposizione della Comunità una parte delle somme che essi riscuotono a titolo di Iva, sicché vi è un nesso diretto tra la riscossione del gettito tributario secondo le regole armonizzate e la messa a disposizione del bilancio comunitario delle corrispondenti risorse Iva, perché qualsiasi lacuna nella riscossione del primo si traduce potenzialmente in una riduzione delle seconde. La Corte ricorda inoltre di avere statuito che gli stati membri hanno l'obbligo di garantire una riscossione effettiva delle risorse proprie della Comunità.
Da queste considerazioni deriva che i meccanismi di cooperazione del regolamento n. 1798/2003, avendo il fine di contrastare la frode e l'evasione dell'Iva, sono idonei ad esercitare un'influenza diretta e sostanziale sull'effettiva riscossione del gettito dell'imposta e sulla messa a disposizione del bilancio comunitario delle risorse Iva, per cui la repubblica tedesca, essendosi opposta allo svolgimento, da parte della Corte dei conti, dei controlli sulla cooperazione amministrativa prevista dal citato regolamento, ha violato gli obblighi derivanti dall'art. 248 del trattato.