Secondo i parlamentari interroganti, l'operato dell'amministrazione, che contesta l'utilizzo “virtuale” dell'istituto dei depositi Iva di cui all'art. 50-bis del dl 331/93, ritenendo che tali disposizioni presuppongano la materiale introduzione dei beni nel deposito, non sarebbe corretta. Inoltre, la pretesa del pagamento dell'Iva non assolta in dogana comporterebbe una duplicazione dell'imposta, già assolta dal contribuente, al momento dell'estrazione dei beni dal deposito, con il meccanismo del “reverse charge” (autofatturazione). Nella risposta, il governo ricorda anzitutto che l'agenzia delle dogane, con la circolare n. 16/2006 e la successiva nota n. 7521 del 28 dicembre 2006, ha chiarito, su conforme parere dell'agenzia delle entrate, che ai fini dell'applicazione dell'art. 50-bis è necessario che le merci importate siano materialmente introdotte nel deposito, non essendo sufficiente la semplice presa in carico nell'apposito registro del depositario, in quanto occorre comunque assolvere le funzioni di stoccaggio e custodia delle merci. Questa posizione è stata confermata anche dopo la norma di interpretazione autentica introdotta con l'art. 16, comma 5-bis, del dl n. 185/2008, secondo la quale la disposizione della lettera h) del citato art. 50-bis si interpreta nel senso che le prestazioni di servizi relative ai beni consegnati al depositario costituiscono ad ogni effetto introduzione nel deposito Iva. Al riguardo, infatti, con la nota n. 22321 del 24 febbraio 2009 l'agenzia delle dogane ha ribadito che resta ferma l'inapplicabilità dell'art. 50-bis in caso di inesistenza giuridica o di simulazione del contratto di deposito.
Per quanto concerne, poi, la prospettata duplicazione d'imposta, il governo evidenzia l'esistenza di procedimenti penali pendenti, a seguito controlli della guardia di finanza, circa l'utilizzo improprio dei depositi Iva, segnalando che in alcuni casi è stato accertato che la documentazione doganale di importazione aveva la stessa data dei documenti di ingresso e uscita dal deposito, mentre in altri è emerso che gli automezzi utilizzati per il trasporto, contrariamente alle risultanze documentali, non avevano mai raggiunto il deposito. In ordine alle conseguenze di queste circostanze, l'agenzia delle dogane si è espressa con la circolare n. 23/2007, chiarendo il trattamento sanzionatorio applicabile nel caso in cui alla destinazione delle merci dichiarata in dogana non faccia seguito la loro effettiva introduzione nel deposito, con sottrazione dei beni al pagamento dell'imposta dovuta alla dogana, anche se siano stati posti in essere gli adempimenti previsti per la tassazione con l'inversione contabile ai sensi dell'art. 50-bis. La cassazione, infine, con una serie di sentenze depositate nel 2010 (n. 12262 e altre), ha statuito che la norma in questione si riferisce ai beni consegnati al depositario, ove il termine consegna non può ritenersi diverso da quello di introduzione nel deposito, ritenendo conseguentemente legittimo il recupero del tributo in assenza dell'effettivo immagazzinamento, a nulla rilevando l'assolvimento dell'imposta mediante autofatturazione in quanto l'Iva dovuta in dogana, in quanto diritto di confine, non è equiparabile a quella assolta con l'autofatturazione. Conclusivamente, il governo ritiene che l'operato dell'amministrazione sia conforme alla legislazione vigente, osservando che l'eventualità di una modifica normativa deve tenere conto dei vincoli imposti dalla normativa comunitaria.