Sarebbe anche, però, un sistema «misto», perché basato su un accordo internazionale fra l'Ue, i suoi Stati membri e gli altri paesi terzi membri dell'attuale Convenzione del brevetto europeo (che non è un sistema comunitario).
Secondo la proposta, verrebbe istituito un «Tribunale dei brevetti Ue ed europei», che sarebbe composto di una Corte di prima istanza (comprendente una divisione centrale e divisioni locali e regionali), una Corte d'appello e un Ufficio del registro. Il Tribunale dei brevetti avrebbe anche la possibilità di chiedere alla Corte di giustizia europea di pronunciarsi su questioni riguardanti l'interpretazione dei trattati Ue o l'applicazione di atti delle istituzioni comunitarie
Nell'opinione degli avvocati generali della Corte si precisa che «il regime linguistico applicato nella divisione centrale del futuro Tribunale del brevetto europeo e comunitario potrebbe violare i diritti della difesa», e in particolare il diritto delle persone di difendersi nella lingua ufficiale dello Stato di appartenenza. Inoltre, «non sono sufficienti le garanzie che dovrebbero assicurare il primato del diritto Ue da parte degli organi di giurisdizione del brevetto», e insufficienti sono anche «i rimedi previsti in caso di violazione» dello stesso diritto comunitario. Il progetto di accordo, infine, «non risponde all'esigenza di garantire un controllo giurisdizionale effettivo, e un'applicazione corretta e uniforme, del diritto dell'Unione nei contenziosi amministrativi riguardanti la concessione dei brevetti comunitari», concludono gli avvocati generali.